#59 Minds Meet Weeds - Part 1

NeuroRadio

Salk Institute のEckerラボ で宿主-微生物相互作用研究とゲノミクス技術開発を行っており、来年夏からイギリスのThe Sainsbury Laboratoryで独立予定の登達也さん(@nobolly, @tnobo_ktcs)がゲスト。植物を研究対象としたきっかけ、マックスプランクでのPhD3部作、ポスドクでの3部作の解説、近年のSpatial Transcriptomics技術開発トレンドに関するディスカッション。後半に続く (6/22収録)

Show Notes (番組HP):

• 登さんHP
• NRのトランスクリプトーム回 EP4 EP5
• Eckerラボ
• オンライントーク その１ その２ その３ (おすすめby登)
• 津田ラボ（現華中農業大学大学）
• 津田先生
• 放射線植物生理学研究室
• セシウム蓄積に関する研究 その１ その２ その３
• フランス政府の給費留学
• 留学したフランス原子力庁のラボ
• Max-Planck Institute for Plant Breeding Research
• Köln (Cologne)
• ケルシュ
• PhD時代の植物-微生物相互作用三部作その１：植物免疫による微生物への影響、RNA版
• 登さんによる植物の免疫系に関するレビュー その1 その2
• IlluminaのRibo-Zero (ディスコン：植物用のものが製造終了)
• 根腐病
• PhD三部作その２：Multi-omics版
• PhD三部作その３：異なる微生物への植物の応答と、微生物への影響の違い
• 野性のシロイヌナズナから単離した微生物のコレクション
• 植物と動物のマイクロバイオーム
• 鉄（栄養）を使った免疫
• 葉っぱは疎
• 細胞壁
• III型分泌装置
• 植物の共生
• EMBOの新米PI用ワークショップ
• Eckerラボからマウス脳でsingle nucleusメチローム、Science 2017
• ポスドク応募時に書いたメールについて
• 脳メチローム その１ その２その3 その4 その5 他多数
• UPennでやったエチレン研究 その１ その２ その３ 他多数
• シロイヌナズナ全ゲノム解読論文
• 植物へのMicroarray
• シロイヌナズナのT-DNA変異体ライブラリ、Salk Line
• Eckerキャリアインタビュー（2007年時点）
• ゲノムワイドなメチル化アッセイ in 植物
• In Human
• ENCODEでのJoeのトーク
• Ecker in HHMI
• Ecker in BICCN
• Ecker in BICAN
• プロトプラスト
• Full ProfessorのStudy
• Salk InstituteでのSymphony
• ポスドク三部作その１：Seed-to-seed single nucleus atlas
• ポスドク三部作その２：感染時の植物のMulti-omics + MERFISH
• ポスドク三部作その３：PHYTOMap
• Bing Renラボ
• のBICCN論文
• 転写物分布だけで細胞のセグメンテーション、先行研究
• 植物の細胞セグメンテーション
• vizgen
• MERSCOPE
• SeqFISH
• Long Cai
• BacteriaをターゲットにしたSeqFISH
• STARMap
• Xiao Wang
• Sten LinnarssonではなくMats Nilssonでした！
• HybISS
• Sequence-by-ligation、例えばこれ
• Sequence-by-synthesis
• アムホテリシンB
• Expansion Microscopy + Spatial Transcriptomicsの仕事
• FISSEQ
• Harvard Fellow
• NanoString
• 10x Genomics
• EASI-FISH
• Paul Tillberg
• EEL-FISH
• 各神経の投射をバーコードで標識してSpatial Transcriptomics
• Slide-seq
• Evan Macosko
• Fei Chen
• Slide-Tags
• INSTA-seq
• Je Lee (現Ultivue)
• DBiT-seq
• CUT&Tag
• 開発したRong Fan
• 最近の無双 Spatial ATAC-seq, Spatial CUT & Tag, Spatial CITE-seq
• Pixel-seq
• Stereo-seq
• 最近NanoStringを10xが訴えた
• 登さん新ラボのアナウンスメント from TSL
• Janelia Fluor
• Quantum Dot

Editorial Notes:

• これまでの短いキャリアを振り返って、月並みですが人・環境に恵まれていたなと感じさせられました。宮脇さん萩原さんともそのうちリアルでお会いしたいです。ケルシュ飲みいきましょう！（登）
• 次会えそうな時は感染症に気をつけます！ (脇)
• そういえばNanoString本社の隣に住んでます (萩)